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Das man bei bestimmten Ärzten (gerade bei Fachärzten) teilweise Monate auf Termine warten muss, ist allgemein bekannt.
Selbst bei relativ eiligen Sachen muss man Wochen warten. Wäre das mit den Bakterien so akut, hättet ihr auf jeden Fall einen früheren Termin oder eine Überweisung ins Krankenhaus oder so bekommen. Also wegen der Sache würde ich mir garkeine Sorgen machen, die Wartezeit ist normal.
Ob er noch zeugungsfähig ist, kann ich dir natürlich nicht sagen. Bis er nicht bei diesem Arzttermin war, kann dir das vermutlich niemand.
Trotz allem, könnten die Arzthelfer dort sensibler und netter mit ihren Patienten umgehen. Ihr habt sowieso ein Recht auf eine Zweitmeinung, also sucht euch noch einen anderen Arzt, der sich das auch nochmal anschaut. Ob ihr allerdings dort schneller einen Termin bekommt, ist die Frage.
Oder ruft einfach bei jedem Facharzt (was ist das? Urologe? Weiss garnicht) in eurer Stadt an und fragt ob dort früher Termine frei sind.
Das würde ich wahrscheinlich machen.